Di permukaan, SMA Koudo Ikusei adalah sebuah utopia. Para siswa menikmati kebebasan yang tak tertandingi, dan mendapat peringkat tinggi di Jepang. Namun kenyataannya kurang ideal. Empat kelas, A hingga D, diberi peringkat berdasarkan prestasi, dan hanya kelas teratas yang menerima perlakuan istimewa. Kiyotaka Ayanokouji adalah siswa Kelas D, tempat sekolah membuang sampah terburuknya. Di sana ia bertemu dengan Suzune Horikita yang tidak ramah, yang percaya bahwa dia ditempatkan di Kelas D karena kesalahan dan ingin naik ke Kelas A, dan idola kelas yang tampaknya ramah, Kikyou Kushida, yang bertujuan untuk mendapatkan teman sebanyak mungkin. Meskipun keanggotaan kelas bersifat permanen, peringkat kelas tidak bersifat permanen; siswa di kelas dengan peringkat lebih rendah dapat naik peringkat jika nilai mereka lebih baik daripada siswa di kelas teratas. Selain itu, di Kelas D, tidak ada batasan mengenai metode apa yang dapat digunakan untuk maju. Di sekolah yang kejam ini, bisakah mereka mengatasi rintangan dan mencapai puncak?.
