Heiji Hattori mencari seorang anak yang membuatnya jatuh cinta setelah dia melihat anak itu bermain di luar sebuah kuil ketika dia masih kecil. Sementara, Kogoro, Ran, Conan, dan Sonoko pergi ke Kyoto dan bertemu dengan Heiji dan Kazuha untuk menginvestigasi pencurian dan pembunuhan berantai. Si pembunuh berusaha untuk membunuh Heiji berulang kali. Kazuha diculik sementara Heiji terluka parah.Mereka juga bertemu Ai, Ayumi, Mitsuhiko, Genta, dan Profesor Agasa yang sebenarnya pergi ke Kyoto untuk berwisata. Conan menelan pil yang Haibara berikan kepadanya dan sebotol anggur, sehingga ia kembali menjadi Shinichi untuk sementara. Dia menyamar sebagai Heji dan berusaha menangkap si pembunuh dan menyelamatkan Kazuha, lalu mengulur waktu sampai Heiji tiba. Heiji bertarung dengan si pembunuh menggunakan kendo, sementara Shinichi berlari ke hutan untuk bersembunyi ketika dirinya kembali menjadi Conan. Di hutan, Shinichi bertemu dengan Ran dan membuatnya pingsan dengan jam tangan bius untuk mencegah Ran melihat Shinichi berubah menjadi Conan. Lalu Conan segera mndatangi Heiji dan Kazuha pada waktunya untuk menyelamatkan mereka berdua dengan menendang obor kepada pelakunya. Pelakunya melanjutkan pertarungan dngan Heiji dan berhasil membawanya ke atap kuil. Tendangan bola Conan kepada musuh lainnya, memberi Heiji waktu untuk kembali mendapatkan kedudukan. Akhirnya Kazuha dibebaskan dan pembunuh pun ditangkap. Setelah kejadian tersebut, Heiji mengetahui bahwa gadis pada masa kecilnya adalah Kazuha. Tetapi ia tidak memberitahukan Kazuha bahwa ialah gadis yang selama ini dicarinya.
