Lima belas tahun yang lalu di daerah tandus di Pasifik, sebuah kapal pesiar bertabrakan dengan gunung es dan hilang di laut. Lebih dari satu dekade kemudian, Hideto Yashiro — insinyur kapal — tewas dalam kecelakaan mobil yang fatal. Hubungan yang tidak mungkin di antara peristiwa-peristiwa ini hanya terungkap di atas kapal mewah St. Aphrodite selama pelayaran perdananya. Naik ke atas pada liburan yang sangat dibutuhkan, Kogorou Mouri, putrinya Ran, Conan Edogawa, dan Detective Boys menikmati perjalanan yang disediakan oleh keluarga Sonoko Suzuki. Tapi kesenangan mereka segera terpotong ketika permainan petak umpet menyebabkan hilangnya Sonoko. Beberapa waktu kemudian, CEO dari kelompok Yashiro, yang membangun St Aphrodite, ditemukan ditikam sampai mati dan ayahnya hilang. Sementara penyelidikan polisi berubah menjadi buntu, Conan mendekati pelakunya. Tidak mau ditangkap, pelakunya mengancam meledakkan St. Aphrodite dan menenggelamkan semua penumpangnya. Ketika lambung kapal dengan cepat terisi air, kebenaran di balik pembunuhan yang penuh dendam akhirnya terungkap. Dengan tidak ada tempat untuk melarikan diri, Conan dan Kogorou harus bergulat dengan pelaku yang sulit dipahami sebelum semua orang di kapal diseret ke dasar laut.
